Hérmedes, en el siglo X ya era lugar poblado y, posiblemente, por gentes mozárabes, como bien lo atestigua su ermita, que conserva excelentes vestigios de esta época y porque, en un documento del siglo XI, se le cita como San Juan de los Eremitas del Cerrato (El significado de Hérmedes de Cerrato es El lugar de las ermitas o de los eremitas en el Cerrato). En este siglo sus "monasterios de San Juan" se ceden a la Orden de San Benito (orden monástico que se caracterizó por el acoso a que sometió al mozarabismo repoblador), que se había instalado por estas y otras comarcas castellanas, para lo cual fundó la Abadía de Hérmedes, hoy desaparecida.

    En el s. XIV, Hérmedes de Cerrato y San Sebastián eran lugares de abadengo, uno dependiente del Abad de Hérmedes y el otro del Abad de Husillos.
   
    La iglesia, de construcción moderna, no tiene especial interés, sin embargo sí lo tiene la Ermita de la Virgen de la Era (del siglo X), de nave rectangular, donde destaca el arco mozárabe y una pila bautismal tallada en un capitel, también mozárabe. Conserva también una imagen de la Virgen con el Niño (del siglo XVI). En 1931 fue declarada Monumento Histórico - Artístico.